Die erste dokumentierte Hütte am Großen Arbersee war eine Schutzhütte. Diese wurde jedoch nach sechs Jahren abgerissen. 

Die Waldvereinssektion Bayerisch Eisenstein ersetzte die Seehütte im Jahre 1886 durch ein größeres Arberseehaus an fast gleicher Stelle der Seehütte. 

Das Fürstenhaus Hohenzollern, genauer gesagt Fürst Leopold, erbaute im Jahre 1904 das dritte Arber­seehaus im Schweizer Baustil. An dem in den nächsten 112 Jahren insgesamt fünf größere Anbauten errichtet wurden.  Zu dieser Zeit war der Große Arbersee bereits ein beliebtes Ausflugsziel in der Region.

In den 1950er Jahren wurde das ursprüngliche Gebäude durch ein größeres und stabileres Haus ersetzt, um den wachsenden Besucherzahlen und den gestiegenen Anforderungen gerecht zu werden. Es wurde zu einem wichtigen Anlaufpunkt für Wanderer, Ausflügler und Naturfreunde in der Gegend.

Durch verschiedenste Erweiterungen am und im Haus konnten auch Gäste im oberen Teil des Gebäudes untergebracht werden.Lange Zeit diente das Arberseehaus als Vereinslokal der Eisstockschützen des gesamten Bayerischen Waldes, die ihre Europa­meisterschaften auf dem Großen Arbersee austrugen.

Das Arberseehaus war stets an einen Wirt verpachtet. Erst 2014 übernahm es die Arberbergbahn, die bereits mehrere Gasthäuser am Arber selbst geführt hat, in Eigenregie. Im gleichen Jahr erfolgte gezwungenermaßen ein kleiner Anbau in Form eines Kiosk-Containers, weil die im Haus unten liegenden Kellerräume für die Gäste nicht mehr zumutbar waren.

Im November 2016 wurde das „alte“ Arberseehaus aufgrund des schlechten Bauzustandes abgerissen. 

Das neuerbaute Arberseehaus wurde im Juni 2018 neu eröffnet. Seitdem steht ein großer Kioskbereich mit Tretbootverleih, ein traumhafter Wintergarten und große Sonnenterrasse zur Verfügung. Ebenfalls befindet sich im neuen Seehaus ein Standesamt.